No se qué manual de industria se supone que has consultado tu, pero el que está en vigor y tienen las ITVs define, expresamente, en el punto 6 (dirección - Modificaciones que afecten al sistema de dirección del vehículo), el apartado 6.6 (Sustitución del manillar por otro) que establece que un cambio de manillar es SIEMPRE una reforma.
Solo requiere de legalización con informe de conformidad y certificado de taller (no de proyecto), pero es una reforma.
En cuanto al certificado de conformidad, ni siquiera harley va probablemente a disponer de informes de conformidad específicos de los manillares. Ellos los homologan, en cada modelo, como elementos generales que lo componen, pero yo jamás he visto un certificado de conformidad independiente de un manillar de moto.
Pero cualquier ingeniero autorizado puede emitirlo. De hecho es por hacer eso por lo que cobran cuando uno "homologa un manillar". Si fuese habitual disponer de certificados de conformidad de los manillares, no harían falta los ingenieros para nada - con el certificado de instalación del taller podrías irte a la ITV y con eso legalizar el cambio.