Todo depende del uso que uno vaya a darle al "hueco". Estáis hablando de forma indistinta de baules y bolsas para depósito, y no tienen nada que ver lo uno con lo otro.
Si es para un viaje concreto, seguramente con petates y bolsas para depósito hagas el apaño perfecto. Y más si viajas solo. Es lo más barato, y lo que menos afecta a la moto.
Pero para llevar cosas con frecuencia, dejar material en la moto mientras la aparcas, transportar cosas de forma variada y variable... necesitas unas alforjas o un baul, algo permanente.
Por experiencia de mucho tiempo y transportes te diré que la única ventaja que ofrece un baul frente a unas alforjas es el poder admitir cosas más grandes. Si pones un baul de buen tamaño, te cabrán cosas como un casco, un portátil y cosas parecidas que no van a caberte en una alforja. Por otro lado, aunque yo he llevado en algún momento un baul en el que cabía un casco, siempre me ha resultado más práctico dejar el casco fuera. No solo por rapidez, si no por que si metes el casco en el baul... ya no cabe nada más. El único momento en que he llevo un casco en el baul ha sido una época en la que a ratos tenía que transportar a mis hijos en la moto, y dejaba el segundo casco dentro.
Si no te consta esa problemática (necesidad de transportar un casco o algo igualmente grande), las alforjas ofrecen enormes ventajas. Primero, la suma de volumen es normalmente mayor (igual no te cabe un determinado objeto de un cierto tamaño, pero te cabrán más cosas más pequeñas). Segundo, aerodinámicamente son mucho menos notorias (el uso de un baul se nota claramente... la moto consume más, hace más ruido, y con el aire se nota claramente el efecto "vela"). Y tercero, son mucho más estéticas.
Después de años usando la moto para ir al trabajo, transportar cosas, salir por ahí con mi mujer llevando ropa y cosas de recambio, hacer viajes con equipaje importante... mi conclusión es que el baúl es sobre todo interesante DESPUES de haber llenado las alforjas. Esto es, cuando lo llevo, no es solo, si no además de las alforjas.