Hola, no sé si lo habrás solucionado ya, en mi caso (mi moto también padecía de los famosos estornudos) era por una regulación incorrecta de la mezcla en bajas, no creo que tenga mucho que ver con el hypercharger y sí con cómo lleves el carburador, las bujías, etc...
Yo empezaría por lo fácil y con lo que mejoró mucho la mía, que es limpiarlo bien con Nural 5000 o si tienes tiempo desmontando...
Si tu moto es inyección, es posible que necesites tocar el mapa de inyección o recalibrar.
De todas formas sea carbu o inyección con un cambio de bujías y una limpieza del sistema de admisión siempre mejora.
Saludos